Enderun'da yetişmiş olup 2. Bayezid'in Şehzâdelik yıllarında onun hizmetine girmiştir. 2. Bayezid'in tahta çıkmasından sonra Hazinedarbaşı oldu. Cem Sultan için ödenmekte olan parayı götürmek üzere Papa'ya gönderildi. Cem Sultan tarafından da kabul edilerek Padişah'ın mektubunu ve gönderdiği hediyeleri Şehzâdeye takdim etmiş, onu teselli edici sözler söylemişti.

Getirildiği veziriâzamlıktan Şiî akâidini benimsediği, aşırı mal hırsı olduğu gibi şikâyetler üzerine azledilerek yerine Hadım (Atik) Ali Paşa getirildi. Fakat Mustafa Paşa ikinci vezir olarak divandaki yerini korudu. Bu durum onun II. Bayezid nezdindeki nüfûzunu ve vazgeçilmezliğini gösterir.

Mustafa Paşa 2. Bayezid'in yanından hiç ayrılmamış, onun en mahrem sırlarına âşina bir devlet adamı olarak o sıralarda tırmanma eğilimi gösteren saltanat mücâdelelerinde önemli roller üstlenmiştir. 2. Bayezid'in oğulları arasındaki taht mücâdelesinde Şehzâde Ahmed'i destekledi. Ayaklanan yeniçeriler Şehzâde Ahmed taraftarlarının evlerini bu arada Mustafa Paşa'nın da evini basarak yağmaladılar. Bu hâdiseler sırasında Mustafa Paşa'nın

Şehzâde Ahmed'den yüz çevirip Selim'i desteklemeye başladığı diğer paşaların desteğini de sağlayarak 2. Bayezid'i tahtı Selim'e terk etmesi için ikna etmeyi başardığı kaydedilmiştir. Bu sebeple makamını yeni pâdişah döneminde bir süre için de olsa korudu. Ancak Selim'in ekibinin eski kadroların tasfiyesine yönelik faaliyetleri daha önce Şehzâde Ahmed taraftarı olarak adı çıkmış olan Mustafa Paşa'yı zor durumda bıraktı.

Yavuz Sultan Selim'in sürekli olarak şüphesini çektiği anlaşılan Mustafa Paşa, Ahmed'e karşı harekete geçip Ankara'ya kadar ilerleyen ve ardından Bursa'ya dönen pâdişah tarafından burada ansızın îdam edildi. (1512).

Koca Mustafa Paşa Külliyesinde kendisi için yaptırdığı türbeye değil Bursa'da Pınarbaşı Kabristanı'na defnedilmiştir. Yanında oğlu müderris Mehmet Efendi yatmaktadır. Mezar taşında "Sahibü'l hayrât eş-şehid Koca Mustafa Paşa" yazılıdır.

Koca Mustafa Paşa Câmii ve Külliyesi: Bulunduğu semte adını vermiş olan câmi ve külliye, Sünbüliyye tarikatının merkez dergâhını teşkil etmiştir. Bu sebeple halk arasında Sünbül Efendi Câmii olarak da anılır. Câmi binası havârilerden Hagios Andreas adına kurulmuş bir kilisedir. Sadrazam Koca Mustafa Paşa tarafından câmiye çevrilmiştir. Mâbed esasında bir Bizans kilisesi olmakla beraber câmiye dönüştürüldüğünde bünyesinde esaslı tâdilatlar yapılmıştır. Câmi olarak ortada bir ana kubbe, mihrapla giriş dehlizleri üzerinde birer yarım kubbesi bulunan bu mâbed, Beyazıt Câmii tarzındadır ancak daha evvel inşa edildiğine göre bu yeni tipin öncüsü Koca Mustafa Paşa Câmii olmaktadır. Sağdaki minâresi de önemli özelliklere sahip bir sanat eseridir. İstanbul minâreleri içinde bu derece zarif ve mükemmel bezenmiş başka bir minâre kürsüsü yoktur.

Bâzı kaynaklarda, Yavuz Sultan Selim'in gazabına uğrayarak îdam edilen Koca Mustafa Paşa'nın kurduğu evkafın da yıktırılmasının emredildiği ancak Sünbül Efendi'nin buna mâni olduğu ve sembolik olarak yalnız bacaların yıktırılmasıyla yetinildiği ve bunların da sonra yeniden yaptırıldığı kaydedilmiştir.

Koca Mustafa Paşa'nın câminin doğu tarafında kendisi için yaptırdığı türbe camiden 5 m. kadar uzaklıkta tamamen kesme taştan inşa edilmiş, çokgen planlı, kubbeli bir binâdır ve önünde iki sütuna dayanan kubbeli küçük bir revak bulunmaktadır. Koca Mustafa Paşa idam edildiğinde Bursa'ya defnedildiğinden bu türbeye de Sünbül Efendi'nin hanımı Safiye Hâtun, di- ğer bir rivâyete göre de Koca Mustafa Paşa'nın kızı olan Safiye Sultan defnedilmiştir. Zamanla imâret, medrese, sebiller ve muvakkithâne ile Sünbül Efendi Dergâhının şeyhlerine âit türbeler ilâve edilerek önemli bir dini merkez haline gelmiştir. Sünbül Efendi Türbesi, II. Mahmud zamanında yapılan tâmirat ve son olarak Serasker Mehmed Rıza Paşa'nın yaptırdığı tâdilatlarla günümüzdeki şeklini almıştır. II. Abdülhamid devrinde 17 sene Seraskerlik vazifesini deruhde etmiş olan Mehmed Rıza Paşa'nın kabri de Sünbül Efendi Türbesinin içinde, bir ara kapı ile ayrılmış olan bölümdedir.

Mübârek gecelerde câmi şerefelerinde kandil yakılması âdeti de ilk olarak burada tatbik edilmiştir. Hz. Peygamber'in (a.s.m.) doğum günü olan rebîülevvel ayının on ikinci gecesinde ilk olarak Koca Mustafa Paşa Câmii minâresinde kandil yakılmış, bundan hoşlanan Sultan 3. Murad bir fermanla bütün İstanbul câmilerinde kandil yakılması geleneğini başlatmıştır.

Çevrede tekke şeyhleriyle birçok tanınmış kişi ve hattatın (Hâfız Osman gibi) mezarının bulunduğu bir hazîre teşekkül etmiştir. Dârüssaâde Ağası Beşir Ağa avlunun ortasında İstanbul'da örnekleri çok az olan sütun biçiminde bir çeşme diktirmiştir.